Abra o cmd em modo de administrador.
Use o comando cd/ para voltar para o C:
Digite o comado:
attrib -h -r -s /s /d f:\*.*
Seus arquivos provavelmente voltarão, mas os atalhos irão continuar. Para isso, digite F: (Letra da unidade do pendrive) então digite:
del * .lnk
Os Links (Atalhos) serão excluídos.